有效。合同一經(jīng)依法簽訂，即具有法律效力，履約過程中出現(xiàn)障礙（如延期、部分無法執(zhí)行）不等于合同無效或自動(dòng)終止。只有當(dāng)“繼續(xù)履行將損害國家利益和社會(huì)公共利益”時(shí)，才應(yīng)變更、中止或終止。提問所述情形，甲方應(yīng)補(bǔ)償供應(yīng)商部分成本，合同可繼續(xù)履行，僅需延期執(zhí)行。
法律依據(jù)：
《中華人民共和國政府采購法》第五十條 政府采購合同的雙方當(dāng)事人不得擅自變更、中止或者終止合同。
政府采購合同繼續(xù)履行將損害國家利益和社會(huì)公共利益的，雙方當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)變更、中止或者終止合同。有過錯(cuò)的一方應(yīng)當(dāng)承擔(dān)賠償責(zé)任，雙方都有過錯(cuò)的，各自承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任。